12月上半月主要在做实验，文献阅读有一些耽搁，下个半月坚持一下。 scDeepSort: a pre-trained cell-type annotation method for single-cell transcriptomics using deep learning with a weighted graph neural network 2021 NAR 一篇比较新的文章，核心是通过在大规模数据上进行所谓的“预训练”，从而对新数据集上的细胞类型进行标注。整个工作的基础是建立在HCL和MCA数据集上的，作…
An Empirical Framework for Domain Generalization in Clinical Settings CHIL 2021 迁移学习方面的文章，文章提出在医学场景中，经常会遇到模型泛化能力较差的情况，而作者在读之前的文章中，发现经验风险最小（ empirical risk minimization，ERM）模型的泛化能力在一些数据集上比现在的已知模型效果都要好，于是作者就在医疗文本和医学图像上测试了8种迁移学习的模型，最终得到了类似的结论，ERM模型的效果并不比新提出的模型差。 …
欢迎回来，十月下系列因为一些个人的事情有些摸鱼，十一月作为新的开始，希望Flag能立住。 11月的歌，祝贺EDG！ 《新生》这首歌原本是LOL十周年的歌，但感觉很符合大家在世界赛对EDG的看法，歌本身很好听，很有古风的感觉，前面的女声也很空灵。 Deep Learning-Based Prediction of Drug-Induced Cardiotoxicity JCIM 2019 广州中医药大学的文章，通过药物的分子式预测其是否为特定浓度下的hERG阻滞剂。文章的主要贡献是 自己收集了一个很大的…
下半月推荐一首最近很火的歌，就不过多介绍了，我们开始吧。 Improving the Assessment of Heart Toxicity for All New Drugs Through Translational Regulatory Science clinical pharmacology & therapeutics 2014 一篇医学类的文章，看标题是确定药物对于心脏毒性的研究，这里的毒性指的就是对于QT间期延长的影响。标题后半部分“Translational Regulatory Sci…
这是Whirl Paper Flash系列的第二章，针对文章分享的时间感觉还是没有想好，从试运行的结果看，似乎一周的内容已经足够多了，所以我目前准备采用一天更新1-2篇，半月更新整篇文档的方式。话不多说，开始吧。 这次要分享的歌曲是Space Oddity，wiki的介绍如下： “Space Oddity”（中文：太空怪谈）是大卫·鲍伊写的一首歌。它于1969年7月11日首次以7英寸单曲发行。这是他的第二张录音室专辑《David Bowie (Space Oddity)》的第一曲。它是大卫·鲍伊的标志性歌曲之一，也…
这是Whirl开的新坑之一，目的一是督促自己每天都来读文献，二是为了能够更好的记录下来所读文献的内容，三是为了给网站填一些东西哈哈哈。 至于这个坑的名字，Whirl目前还没有想好，先叫做Paper Flash，意思是这些文章在我读的时候不会特别细致去钻研，而是我写的时候也要概括文章的大意，希望读到此文的你也能够在一首歌的时间内读完所有内容。每天的文章最少为2篇，最多不限。如果你在阅读的时候有什么建议，欢迎随时评论，评论是不需要登录的哦。 另外，考虑到可能会有某些竞争的关系，文章的发布时间通常会晚一个月，但由于第一篇…
技术分享
「文献阅读笔记」DSTG: Deconvoluting Spatial Transcriptomics Data through Graph-based Artificial Intelligence
这篇文章用来解决解卷积的问题。由于基于10X技术的空间转录组（ST）只能做到spot level的分辨率，每一个spot的大小是55um(2021.04.24)，每一个spot的基因表达可以理解为是多种细胞类型对应的基因表达的混合，所以如何根据基因表达谱，把一个spot表示成多个细胞类型的混合，就是一个计算问题，这类问题就被称作解卷积（deconvolution)。而目前又有大量缺失了空间结构的单细胞数据，所以把ST和单细胞数据整合在一起，就可以得到每个spot对应的细胞类型。 在上述背景下，这篇文章利用图卷积神经…
网上给的方法要么就是失效了，要么只有可怜的十几张图片。 https://www.flickr.com/photos/152977080@N03/albums。这里有Momentum官方分享的90张图片，虽然不一定全，但已经完全够用了。 注：下载全程需要梯子，百度云见文章最后的链接。 打开后是这样： 鼠标放在一个album上，点击下载： 之后就大功告成了，但是文件总大小在600MB左右，梯子慢的话要等很久。 链接: https://pan.baidu.com/s/17UT_sw0sEk8upRxlLUy…
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Sunny 发布于 10 个月前（07月16日）
whirlhack 发布于 11 个月前（06月16日）
Frances 发布于 11 个月前（06月02日）
whirlhack 发布于 11 个月前（06月02日）
CY 发布于 12 个月前（05月26日）